En hiver, une partie du troupeau de caribou de la toundra de la rivière George (qui se déverse dans la baie d’Ungava), dont la population est estimée à plusieurs centaines de milliers d’individus, parcourt le secteur nordique de la région, atteignant même parfois la région de Fermont, dans sa limite sud de migration.
La petite faune est bien représentée. On retrouve le lièvre d’Amérique et le lynx, son plus grand prédateur. Le tétra des savanes occupe les clairières et la lisière de la forêt coniférienne, ainsi que les secteurs ravagés par les incendies de forêt. La gélinotte huppée (perdrix) est confinée à la partie sud près de la côte, alors que le lagopède des saules et le lagopède des rochers sont présents dans le nord de la région lors de la migration d’hiver vers le sud.
Les animaux à fourrures sont variés. On note la présence du castor, du rat musqué, de la loutre de rivière et du vison dans et près des milieux aquatiques. Le loup, fugace, fréquente la forêt et les aires ouvertes. La marmotte commune, le renard roux et la mouffette rayée, à qui la coupe forestière et l’occupation agricole des deux derniers siècles ont profité, affectionnent les espaces découverts ou semi-découverts comme la clairière, la forêt clairsemée, les vallées de rivières et les rives des lacs. Enfin, le porc-épic, l’écureuil roux et le grand polatouche (écureuil volant) se retrouvent en forêt résineuse et mixte.
Le carcajou, aujourd’hui d’une extrême rareté, est confiné à l’extrême nord de la région boisée. La marte d’Amérique et le pékan sont surtout présents au nord de la forêt résineuse et ce en quantité assez restreinte. Ce dernier fréquente à l’occasion les forêts de repousses ainsi que les abords des cours d’eau. Enfin, l’hermine et la belette pygmée occupent divers habitats, surtout ceux fréquentés par les campagnols composant leur menu.
La faune aquatique intérieure
Plus de vingt espèces de poissons ont été inventoriées sur le territoire nord-côtier. Parmi ces espèces, les salmonidés sont les poissons les plus abondants, l’omble de fontaine (ou truite mouchetée) étant la plus répandue de celles-ci. On y retrouve de plus la ouananiche, le touladi, l’omble chevalier, le grand brochet, la lotte, les meuniers rouges et noirs et le grand corégone. L’omble chevalier (ou truite rouge), la perchaude et le doré se retrouvent en moindre quantité dans le sud de la région. Certaines espèces comme le saumon et l’omble de fontaine anadrome (truite de mer) ne fréquentent les rivières et les lacs de la Côte-Nord qu’à certains moments de leur cycle vital.